金陵圖書館下設辦公室、事業(yè)研究部、宣傳營銷部、活動服務部、系統(tǒng)技術部、采訪編目部、特藏發(fā)展部、綜合閱覽部、電教拓展部、分館建設部、圖書借閱部、少兒工作部等12個部室。各部門職責如下：
1.辦公室。負責全館黨務、人事、財務、資產、物業(yè)等考核和管理日常運行工作。
2.事業(yè)研究部。負責全館整體業(yè)務規(guī)劃、業(yè)務統(tǒng)計、館員培訓和科研管理，圖書館業(yè)界及學會協(xié)調對接，區(qū)館業(yè)務指導，業(yè)內刊物編印等工作。
3.宣傳營銷部。負責面向讀者層面的內外宣傳平臺管理開發(fā)及營銷，圖書館整體形象宣傳，活動統(tǒng)計及大型活動策劃等工作。
4.活動服務部。負責策劃組織金圖講壇、金圖展覽等閱讀推廣活動，志愿服務管理，會展場地管理等工作。
5.系統(tǒng)技術部。負責全館網(wǎng)絡和軟硬件系統(tǒng)維護，數(shù)字資源驗收運維，網(wǎng)借線上服務等工作。
6.采訪編目部。負責全館圖書和視聽資源采訪編目審校，常規(guī)圖書捐贈管理等工作。
7.特藏發(fā)展部。負責特藏文獻管理及讀者服務，參考咨詢平臺管理，地方文獻和古籍等特色數(shù)字資源建設等工作。
8.綜合閱覽部。負責報刊及工具書等管理及讀者服務，全館報刊征訂加工及圖書流轉庫藏等工作。
9.電教拓展部。負責電子科普藝術、文都之窗及自修區(qū)等管理及讀者服務，數(shù)字資源采購與推廣等工作。
10.分館建設部。負責辦證處、視障閱覽室等管理及讀者服務，館外流通體系的建設和維護等工作。
11.圖書借閱部。負責成人圖書借閱等管理及讀者服務，本館薦購圖書和全市公共圖書館區(qū)域流通圖書文獻的借還管理等工作。
12.少兒工作部。負責少兒圖書借閱等管理及讀者服務，組織開展少兒閱讀指導和活動推廣等工作。
