中共金陵圖書館總支部委員會共有總支委員7名，包括書記、副書記、組織委員、紀(jì)檢委員、宣傳委員、群工委員及青年委員。黨總支下轄四個黨支部，各支部分別設(shè)有支部書記、組織兼紀(jì)檢委員、宣傳委員，共計(jì)黨員95人。
金陵圖書館下設(shè)辦公室、事業(yè)研究部、宣傳營銷部、活動服務(wù)部、系統(tǒng)技術(shù)部、采訪編目部、特藏發(fā)展部、綜合閱覽部、電教拓展部、分館建設(shè)部、圖書借閱部、少兒工作部等12個部室。各部門職責(zé)如下：
1.辦公室。負(fù)責(zé)全館黨務(wù)、人事、財務(wù)、資產(chǎn)、物業(yè)等考核和管理日常運(yùn)行工作。
2.事業(yè)研究部。負(fù)責(zé)全館整體業(yè)務(wù)規(guī)劃、業(yè)務(wù)統(tǒng)計(jì)、館員培訓(xùn)和科研管理，圖書館業(yè)界及學(xué)會協(xié)調(diào)對接，區(qū)館業(yè)務(wù)指導(dǎo)，業(yè)內(nèi)刊物編印等工作。
3.宣傳營銷部。負(fù)責(zé)面向讀者層面的內(nèi)外宣傳平臺管理開發(fā)及營銷，圖書館整體形象宣傳，活動統(tǒng)計(jì)及大型活動策劃等工作。
4.活動服務(wù)部。負(fù)責(zé)策劃組織金圖講壇、金圖展覽等閱讀推廣活動，志愿服務(wù)管理，會展場地管理等工作。
5.系統(tǒng)技術(shù)部。負(fù)責(zé)全館網(wǎng)絡(luò)和軟硬件系統(tǒng)維護(hù)，數(shù)字資源驗(yàn)收運(yùn)維，網(wǎng)借線上服務(wù)等工作。
6.采訪編目部。負(fù)責(zé)全館圖書和視聽資源采訪編目審校，常規(guī)圖書捐贈管理等工作。
7.特藏發(fā)展部。負(fù)責(zé)特藏文獻(xiàn)管理及讀者服務(wù)，參考咨詢平臺管理，地方文獻(xiàn)和古籍等特色數(shù)字資源建設(shè)等工作。
8.綜合閱覽部。負(fù)責(zé)報刊及工具書等管理及讀者服務(wù)，全館報刊征訂加工及圖書流轉(zhuǎn)庫藏等工作。
9.電教拓展部。負(fù)責(zé)電子科普藝術(shù)、文都之窗及自修區(qū)等管理及讀者服務(wù)，數(shù)字資源采購與推廣等工作。
10.分館建設(shè)部。負(fù)責(zé)辦證處、視障閱覽室等管理及讀者服務(wù)，館外流通體系的建設(shè)和維護(hù)等工作。
11.圖書借閱部。負(fù)責(zé)成人圖書借閱等管理及讀者服務(wù)，本館薦購圖書和全市公共圖書館區(qū)域流通圖書文獻(xiàn)的借還管理等工作。
12.少兒工作部。負(fù)責(zé)少兒圖書借閱等管理及讀者服務(wù)，組織開展少兒閱讀指導(dǎo)和活動推廣等工作。